Pour cela, le faisceau d’électrons de haute énergie traverse l’échantillon mince et permet d’en obtenir, grâce à un jeu de lentilles adaptées, une image agrandie, jusqu’à la résolution atomique. Un fonctionnement en mode balayage de sonde, associé à la mesure de la perte d’énergie des électrons, permet d’analyser la composition élémentaire de l’échantillon point par point.